90. léta - rozvoj technologie zpracování dat - databázové systémy, GIS, počítačové sítě

Některé důležité události:

 1990: Po zrušení ČGÚ k 1.7.1990 přešla funkce zřizovatele rozpočtové organizace Geofond na Ministerstvo životního prostředí ČR (MŽP).

 1991: Začátkem roku 1991 došlo na základě zákona č. 575/1990 Sb., o opatřeních v soustavě ústředních orgánů státní správy ČR, k přechodu působnosti ve věcech geologického průzkumu a těžby nerostných surovin na tehdejší Ministerstvo pro hospodářskou politiku a rozvoj ČR (později Ministerstvo hospodářství ČR). V této souvislosti došlo k delimitaci 20 pracovníků zajišťujících vedení registru ložisek nerostných surovin, registru geochemické prozkoumanosti a registrace geologických prací do rozpočtové organizace ÚVTEI a od 1.7.1991 do následnické příspěvkové organizace Národní informační středisko České republiky jako samostatný úsek (NIS ČR - středisko Geofond) k zajištění úkolů spojených s tvorbou státní surovinové politiky.

Rozhodnutím č. 8/91 ministra životního prostředí ČR ze dne 24. května 1991 byl změněn název organizace na Geofond České republiky a upraven jeho základní účel a předmět činnosti: Vykonávat funkci archivního, dokumentačního, informačního a studijního centra státní geologické služby v ČR a spolu s Českým geologickým ústavem (dříve Ústředním ústavem geologickým) byl pověřen výkonem funkce státní geologické služby.

1992 : V souvislosti se změnou zákona č. 62/1988 Sb., o geologických pracích, zákonem č. 543/1991 Sb., byla Rozhodnutím č. 5/92 ministra životního prostředí upravena zřizovací listina rozpočtové organizace Geofond ČR tak, aby její činnost odpovídala novému znění § 17.

1996 - 1998 : Koncem roku 1996 došlo v souladu se zákonem č. 272/1996 Sb. ke zrušení Ministerstva hospodářství a jeho působnost ve věcech geologického průzkumu přešla na MŽP, zatímco působnost ve věcech surovinové politiky a využívání nerostného bohatství na Ministerstvo průmyslu a obchodu (MPO). V důsledku toho došlo od 1.1.1997 k opětnému začlenění NIS ČR - střediska Geofond do Geofondu ČR. Aby bylo zajištěno využití Geofondu při plnění kompetencí MPO byla mezi ministry životního prostředí a průmyslu a obchodu uzavřena Dohoda o využívání Geofondu. V souvislosti s těmito změnami a rozšířením činností došlo Rozhodnutím č. 10/97 ministra životního prostředí k úpravě zřizovací listiny Geofondu ČR a Rozhodnutím č. 3/98 ministra životního prostředí k jejímu dalšímu doplnění.